Artwork

Contenuto fornito da Roman Cheplyaka. Tutti i contenuti dei podcast, inclusi episodi, grafica e descrizioni dei podcast, vengono caricati e forniti direttamente da Roman Cheplyaka o dal partner della piattaforma podcast. Se ritieni che qualcuno stia utilizzando la tua opera protetta da copyright senza la tua autorizzazione, puoi seguire la procedura descritta qui https://it.player.fm/legal.
Player FM - App Podcast
Vai offline con l'app Player FM !

#39 Amplicon sequence variants and bias with Benjamin Callahan

1:01:57
 
Condividi
 

Manage episode 247198683 series 1537951
Contenuto fornito da Roman Cheplyaka. Tutti i contenuti dei podcast, inclusi episodi, grafica e descrizioni dei podcast, vengono caricati e forniti direttamente da Roman Cheplyaka o dal partner della piattaforma podcast. Se ritieni che qualcuno stia utilizzando la tua opera protetta da copyright senza la tua autorizzazione, puoi seguire la procedura descritta qui https://it.player.fm/legal.

In this episode, Benjamin Callahan talks about some of the issues faced by microbiologists when conducting amplicon sequencing and metagenomic studies. The two main themes are:

  • Why one should probably avoid using OTUs (operational taxonomic units) and use exact sequence variants (also called amplicon sequence variants, or ASVs), and how DADA2 manages to deduce the exact sequences present in the sample.
  • Why abundances inferred from community sequencing data are biased, and how we can model and correct this bias.

Links:

If you enjoyed this episode, please consider supporting the podcast on Patreon.

  continue reading

70 episodi

Artwork
iconCondividi
 
Manage episode 247198683 series 1537951
Contenuto fornito da Roman Cheplyaka. Tutti i contenuti dei podcast, inclusi episodi, grafica e descrizioni dei podcast, vengono caricati e forniti direttamente da Roman Cheplyaka o dal partner della piattaforma podcast. Se ritieni che qualcuno stia utilizzando la tua opera protetta da copyright senza la tua autorizzazione, puoi seguire la procedura descritta qui https://it.player.fm/legal.

In this episode, Benjamin Callahan talks about some of the issues faced by microbiologists when conducting amplicon sequencing and metagenomic studies. The two main themes are:

  • Why one should probably avoid using OTUs (operational taxonomic units) and use exact sequence variants (also called amplicon sequence variants, or ASVs), and how DADA2 manages to deduce the exact sequences present in the sample.
  • Why abundances inferred from community sequencing data are biased, and how we can model and correct this bias.

Links:

If you enjoyed this episode, please consider supporting the podcast on Patreon.

  continue reading

70 episodi

Tutti gli episodi

×
 
Loading …

Benvenuto su Player FM!

Player FM ricerca sul web podcast di alta qualità che tu possa goderti adesso. È la migliore app di podcast e funziona su Android, iPhone e web. Registrati per sincronizzare le iscrizioni su tutti i tuoi dispositivi.

 

Guida rapida